法律分析：发现非法宗教活动的处理方式如下：1、由宗教事务部门责令停止活动；2、依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，由公安机关给予治安处罚。3、刑事处罚，举行集会、游行、示威，未依照法律规定申请或者申请未获许可的，或者未按照主管机关许可的起止时间、地点、路线进行，又拒不服从解散命令，严重破坏社会秩序的，对集会、游行、示威的负责人和直接负责人，处5年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利；4、由宗教事务部门没收违法所得；5、由宗教事务部门处以违法所得1到3倍的罚款。法律依据：《中华人民共和国刑法》。