农村合作医疗报销有上限。1、普通门诊核准医药费一级医院报销40％，二级医院报销30％，三级医院报销20％，实报资金封顶2000元。2、住院和特殊病门诊核准医药费报销，一级、二级医院0起付，三级医院起付线1000元。定点二级医疗机构（除区中医院外）的住院和特殊病门诊核准医药费报销自起付线至5000元，报销40％；5000元以上至2万元，报销45％；2万元以上至5万元，报销55％；5万元以上，报销65％。实报资金封顶10万元。一、新农合的报销上限是多少。新农合报销上限其实指的就是新农合报销封顶线，大家要清楚每个地区人口不同，新农合的政策保障力度也有所不同。因此，封顶线设置的标准也略有差异。